Skrining In Silico Senyawa Kimia pada Daun Miana (Coleus blumei) Sebagai Antibiofilm Bacillus subtilis

Dian Islamiyati; Nilasari Indah Yuniati

doi:10.55093/herbapharma.v7i1.4902

Dian Islamiyati Program Studi S1 Farmasi Klinik dan Komunitas STIKes Bina Cipta Husada, Purwokerto, Indonesia
Nilasari Indah Yuniati 2Program Studi Sarjana Terapan Teknologi Laboratorium Medis STIKes Bina Cipta Husada, Purwokerto, Indonesia

DOI: https://doi.org/10.55093/herbapharma.v7i1.4902

Abstract

Bacillus subtilis merupakan bakteri Gram positif, dikenal mampu membentuk biofilm yang kuat melalui peran protein permukaan seperti BslA dan TapA. Biofilm ini memberikan perlindungan terhadap lingkungan eksternal dan meningkatkan resistensi bakteri terhadap antibiotik, sehingga menjadi target penting dalam strategi pengendalian infeksi. Tujuan penelitian ini untuk mengevaluasi potensi senyawa kimia dari daun Coleus blumei sebagai agen antibiofilm dengan pendekatan in silico melalui simulasi molecular docking terhadap protein BslA dan TapA. Struktur 3D protein BslA (PDB ID: 4BHU) dan TapA (PDB ID: 6QAY) dipreparasi menggunakan aplikasi Discovery Studio. Delapan senyawa dari C. blumei dioptimasi secara geometris dan dikonversi ke format pdbqt menggunakan PyRx 0.8 dan Open Babel. Docking dilakukan dengan AutoDock Vina dan hasil interaksi dianalisis lebih lanjut serta divisualisasikan dengan Discovery Studio. Hasil menunjukkan senyawa hexahydro-3H 1[2’-trifluoromethyl]-6’[4”-trifluoromethylphenyl]- mempunyai nilai binding affinity terendah (-8,3 kcal/mol terhadap BslA dan -7,1 kcal/mol terhadap TapA), lebih baik dibandingkan senyawa kontrol kloramfenikol. Interaksi kuat dengan residu ASN A99 dan LEU A119 menunjukkan potensi penghambatan terhadap protein target. Dapat disimpulkan senyawa hexahydro-3H 1[2’-trifluoromethyl]-6’[4”-trifluoromethylphenyl]- dari C. blumei memiliki potensi sebagai agen antibiofilm terhadap B. subtilis dan layak untuk diuji lebih lanjut menggunakan pendekatan in vitro maupun in vivo.

Keywords: Antibiofilm, Bacillus subtilis, Coleus blumei, Molecular Docking

Downloads

Download data is not yet available.

References

Ferreira, L.G. et al., 2015. Molecular docking and structure-based drug design strategies. Molecules, 20(7), pp.13384–13421. doi: 10.3390/molecules200713384.

Hobley, L. et al., 2013. BslA is a self-assembling bacterial hydrophobin that coats the Bacillus subtilis biofilm. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 110(33), pp.13600–13605. doi: 10.1073/pnas.1306390110.

Islamiyati, D., Husen, F. & Ina Ratnaningtyas, N., 2023. Potensi Aktivitas Antibakteri Ekstrak Moringa oleifera (Lamk.) Terhadap Bakteri Escherichia coli Secara In Silico dan In Vitro. Jurnal Kesehatan dan Science, XIX(2), pp.80–90. Available at: [Accessed June 5, 2025].

Medina, T.J.T. & Cardenas, L.B., 2017. Varieties As Basis for Explant Selection for Callus. Journal of Nature Studies, 16(1), pp.1–10.

Milton, M.E. & Cavanagh, J., 2023. Bacillus subtilis: A Structure-Function Analysis. Journal of Molecular Biology, 435(3). doi: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2022.167923.

Morris, R.J. et al., 2024. Bacillus subtilis Matrix Protein TasA is Interfacially Active, but BslA Dominates Interfacial Film Properties. Langmuir, 40(8), pp.4164–4173. doi: 10.1021/acs.langmuir.3c03163.

Roske, Y. et al., 2023. TapA acts as specific chaperone in TasA filament formation by strand complementation. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(17). doi: 10.1073/pnas.2217070120.

Roske, Y. & dkk, 2023. TapA acts as specific chaperone in TasA filament formation by strand complementation. Proceedings of the National Academy of Sciences, 120, pp.1–12. doi: 10.1073/pnas.

Ruswanto, R. et al., 2018. Desain dan Studi In Silico Senyawa Turunan Kuwanon-H sebagai Kandidat Obat Anti-HIV. Jurnal Kimia VALENSI, 4(1), pp.57–66. doi: 10.15408/jkv.v4i1.6867.

Sari, I.W., Junaidin, J. & Pratiwi, D., 2020. Studi Molecular Docking Senyawa Flavonoid Herba Kumis Kucing (Orthosiphon stamineus B.) pada Reseptor α-Glukosidase Sebagai Antidiabetes Tipe 2. Jurnal Farmagazine, 7(2), pp.54–60. doi: 10.47653/farm.v7i2.194.

Umarudin, S. & Hyssopus, P., 2019. Identifikasi Dan Analisa Senyawa Kimia Ekstrak Daun Miana (Coleus blumei). IPTEK Journal of Proceedings Series, 0(4), pp.24–27.

Weber, D.J. et al., 2023. Biofilms on medical instruments and surfaces: Do they interfere with instrument reprocessing and surface disinfection. American Journal of Infection Control, 51(11), pp.A114–A119. doi: 10.1016/j.ajic.2023.04.158.

Yuniati, N.I. et al., 2023. Perbandingan Senyawa Kuersetin dan Kaempferol pada Reseptor COX-2 Sebagai Agen Antikanker Kolorektal Secara In-Silico. Jurnal Kesehatan Dan Science, XIX(1), pp.98–107. Available at: [Accessed June 5, 2025].